Toda segunda residencia tributa en la renta según la Agencia Tributaria, ya sea porque genera ingresos por alquiler o porque se debe imputar una renta legalmente incluso si permanece vacía. La administración considera que el propietario posee un "derecho real de disfrute" sobre la vivienda que genera obligación tributaria. El sistema de imputación de rentas no evalúa el uso efectivo de la propiedad, sino únicamente su disponibilidad. Esto implica que incluso los periodos en que la vivienda está desocupada tienen impacto fiscal.

Para determinar la renta a imputar se utilizan tres criterios principales. Si la vivienda tiene el valor catastral revisado desde el 1 de enero de 2012, se debe imputar una renta del 1,1% sobre ese valor catastral por los días que esté disponible. Si no ha sido actualizado desde 2012, el porcentaje asciende al 2%. En casos de inmuebles sin valor catastral o sin notificación del mismo, como obras nuevas, se aplica el 1,1% sobre el 50% de la referencia más alta disponible, ya sea la que tenga la Administración por otros tributos o el precio de compra.

La obligación de imputar rentas se mantiene incluso cuando la vivienda se cede sin cobrar alquiler a un familiar cercano o cuando se utiliza de forma esporádica, como una casa de vacaciones que solo se ocupa en temporada estival. Los ingresos por alquiler tributan como rendimiento del capital mobiliario, mientras que la imputación constituye un rendimiento del capital inmobiliario que se suma a la base general junto a los rendimientos del trabajo. Aunque las cantidades imputadas pueden parecer bajas individualmente, pueden obligar a presentar declaración o afectar deducciones fiscales. En casos extremos, alguien con dos viviendas desocupadas valoradas en 500.000 euros podría alcanzar rentas imputadas de 10.000 euros anuales si tributa al 2%.

La Administración Tributaria calcula automáticamente la renta a imputar una vez que dispone del valor catastral, los días de disponibilidad y el porcentaje de titularidad del inmueble. Existen excepciones limitadas al régimen general: viviendas alquiladas, inmuebles ligados a actividades económicas, viviendas habitadas por hijos y cónyuge en casos de separación o divorcio, y propiedades con ocupación ilegal reconocida por la justicia.